Die Spezielle Infektionsserologie befasst sich mit dem Nachweis von Infektionserregern aus dem Material Blut oder Liquor (Gehirnflüssigkeit). Viele Infektionen hinterlassen im Körper Spuren (Antikörper), die auf eine akute oder abgelaufene Infektion hinweisen. Diese Methoden helfen vor allem bei chronischen Infektionen eine Diagnose zu stellen.

Ein Schwerpunkt in diesem Gebiet ist die Erkennung von chronischen Entzündungen des Gehirns. Dies wird mit einer vergleichenden Diagnostik  zwischen Proben aus dem Blut und aus dem Liquor erreicht.

Auch der Nachweis von Autoimmunerkrankungen anhand von spezifischen Gewebeschnitten und Immunfluoreszenz fällt in dieses Gebiet.